Als Jugendlicher durchlebt er um 1913 eine schwere psychische Krise. Er schweigt ein Jahr lang und trägt sich mit Selbstmordabsichten. Während einer therapeutischen Romreise entstehen erste Aquarelle. Nach der Matura meldet er sich als Freiwilliger zum Kriegsdienst, der ihn 1917 in die Karpaten führt und eine schwere Tuberkuloseerkrankung zur Folge hat.
Sergius Pauser studierte von 1919-1924 an der Akademie der Bildenden Künste in München, wo ihn vor allem das künstlerische Werk von Max Beckmann und Otto Dix beeinflusste, und von 1925 bis 1926 an der Wiener Kunstakademie bei Karl Sterrer. Er lebte in Wien und wird 1927 Mitglied des Secession, an deren Ausstellungen er regelmäßig teilnimmt. Mit seinen Porträts stellt sich großer Erfolg bei der Kritik wie auch in der österreichischen Gesellschaft ein. 1932 erhielt er den österreichischen Staatspreis.
Von seinem Malschüler und Mäzen, dem Lederfabrikanten Fritz Sinaiberger, ermöglichte Studienreisen führten ihn nach Italien, Frankreich und in die Schweiz, wo er in seiner realistisch-expressiven Malweise bestärkt wurde. 1934 und 1936 ist er auf der Biennale in Venedig vertreten. Ausstellungen in Deutschland, der Schweiz und den USA sowie zahlreiche Auszeichnungen (darunter die Große Goldene Ehrenmedaille der Stadt Budapest) machten ihn international bekannt.
1943 übernahm Pauser die Leitung der Meisterschule für Malerei an der Akademie und wurde 1947 zum Professor ernannt. Er lehrte dort bis 1966.
In der Nachkriegszeit war er ein gefragter Porträtist und fest in die österreichische Kunstszene integriert. Er fertigte die Porträts vieler Politiker und Schauspieler und erhielt etliche Preise und Ehrungen. Sein Werk wurde 1996 in einer großen Retrospektive in der Österreichischen Galerie Belvedere gezeigt und befindet sich in zahlreichen wichtigen Sammlungen.
Sergius Pauser starb am 16. März 1970 im 74. Lebensjahr in Klosterneuburg.
